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亚甲基蓝广泛应用于化学指示剂、染料、生物染色剂和药物等方面。特别是在染色行业，用于制造墨水等，用量较大，在以下领域，亚甲基蓝应用也较为广泛。

1 工业领域

亚甲基蓝属于染料类化合物，工业级亚甲基蓝经常会用于棉、蚕丝、纸张等的染色，也可应用在竹木的着色和制造墨水、色淀等。另外，也常被用作细菌染色剂、指示剂等。

2医药领域

亚甲基蓝很早之前就在医学领域得到了应用。由于亚甲基蓝的氧化还原特性，可用于解除氰化物、亚硝酸盐、苯胺、乙酰苯胺中毒，或因磺胺类等药物而导致的高铁血红蛋白症。近年来，学者们也对亚甲基蓝及其代谢物在各种细菌和病毒感染，癌症和中枢神经系统疾病如抑郁症、精神分裂症、阿尔茨海默病等疾病中的应用进行了研究。

3 水产养殖领域

亚甲基蓝在水产品养殖中能被用作消毒药，其原理是亚甲基蓝在水溶液中形成的离子型化合物可以与微生物酶系统竞争氢离子，使酶失活，进而导致微生物丧失生存能力；其在治疗小瓜虫病、斜管虫病、红嘴病、水霉病和凡纳滨对虾幼体粘脏病等鱼病也具有一定的疗效，也可用作抗真菌药物,降低鱼类运输中的死亡率。

4 皮肤护理领域

有研究表明，亚甲基蓝在皮肤护理方面也存在一定潜力。亚甲基蓝能够清除自由基、刺激年轻和老年真皮成纤维细胞中的细胞增殖，从而对改善皮肤活力、促进皮肤弹性和胶原蛋白的合成以及通过基质金属蛋白酶的降解保护皮肤基质等方面具有一定的作用。因此，亚甲基蓝可以成为抗衰老化妆品中有前景的药剂。

亚甲基蓝会导致亨氏小体贫血(Heinz-body anemia)、红细胞形态改变以及坏死性浓肿等症状。亚甲基蓝具有致突变性，向人体静脉注射剂量高于 500 mg/kg 的亚甲基蓝后，会使人感到恶心、眩晕、胸口疼痛等。通过比较对不同鱼虾等水生动物的急性毒性实验发现，亚甲基蓝对不同水生动物的毒性具有一定差异，并且达到一定浓度时，稍有增加就会引发动物大量死亡。因此，使用亚甲基蓝时需要在其安全浓度的范围内使用。